厦门大学附属中山医院检验科临床微生物室面积约200m²，配备有：Bruker微生物质谱检测系统、美国BD Phoenix 100型全自动微生物鉴定药敏分析系统、美国BD BACTEC FX全自动血培养分析仪、GeneXpert全自动医用RCR分析系统、微生物快速动态检测系统（Elx808）、Ⅱ级A2型生物安全柜、高温高压灭菌器、细胞涂片离心机、普通培养箱、CO2培养箱、超低温冰箱、普通冰箱、低温冰箱等仪器设备。

临床微生物实验室现有工作人员8人，高级技术职称人员5人。主要承担临床感染性疾病病原体的培养分离鉴定和药敏试验工作外，还进行细菌耐药性监测工作、细菌耐药基因检测等；另外还承担福建省食源性疾病监测哨点医院、福建省细菌耐药监测网、全国细菌耐药监测网和中国侵袭性真菌耐药监测网成员单位的相关工作。